В I. «над самой машиной» уточняет более общее обстоятельство места «низко»: показывает, где именно кружились чайки. Уточнение выделяется запятыми. «Низко» — наречие места, неизменяемое, в предложении обстоятельство; его можно заменить сочетанием «на небольшой высоте».
В I. «до восхода солнца» уточняет время «рано утром»: указывает, когда именно лучше наблюдать скворца. Оно выделяется с двух сторон; запятая перед «а» отделяет части сложного предложения. «Пораньше» — наречие сравнительной степени с приставкой по-, пишется слитно: «раньше» — «пораньше»; обозначает более раннее время.
В I. «даже дежурный по станции» присоединяется к слову «все» и уточняет объём названных лиц. Оборот выделяется запятой. В слове «дежурный» корень -дежур- находим по родственным словам «дежурить», «дежурство»; окончание -ый определяем изменением: «дежурного». Состав: дежур-н-ый; «по станции» зависит от слова «дежурный» и входит в уточняющую группу.
В II. оборот «кроме четырёх судов русской эскадры» сообщает о добавлении к названным судам других кораблей и обособляется. «Несколько» обозначает неопределённое количество; начальное не- входит в состав слова и пишется слитно. В II. «редкий добряк» — приложение после слов «старший штурман „Красавца“», поэтому оно обособляется; «несмотря на свой суровый вид» — обстоятельство с производным предлогом «несмотря на», имеющее уступительное значение, тоже обособляется. «Несмотря на» пишется слитно, так как здесь значит «вопреки», а не действие «не смотря». В II. «благодаря попутному ветру» — обособленное обстоятельство причины внутри предложения: именно ветер позволял проходить такое расстояние. «Не менее» пишется раздельно: частица не относится к слову «менее».